Название город получил от реки Киржач. Оно входит в так называемую серию — куст идентичных географических названий, куда относятся ещё речка Киржелка, а также небольшой ручеёк Киржень в Гагинском районе Нижегородской области. Все они соотносятся с мокшанским или эрзянским словом со значением «левый», в разных диалектах имеющим форму кержи, керч или керш[3]. Киржач был основан на левом берегу одноимённой реки, являющейся левым притоком Клязьмы. Ранее река была судоходна для достаточно больших торговых лодок (карбасов), но потом сильно обмелела, изменила берега и как водный путь более не использовалась.